2002年3月，南京中医药大学翰林学院建立。

2005年5月，学院被教育部批准为独立学院。

2010年9月，学院移址泰州市办学。

2020年7月，学院已停止2020年招生，学院在校生按原计划完成学业后，南京中医药大学收回南京中医药大学翰林学院的办学权并负责处置。同年，学院与江苏医药职业学院合并转设为新的职业本科大学。

2021年6月4日，教育部官网发布《关于拟同意设置本科高等学校的公示》，拟同意将南京中医药大学翰林学院与江苏医药职业学院合并转设为江苏医科职业技术大学。6月8日上午，南京中医药大学通过官微发布公告：根据江苏省教育厅发布，江苏省暂停独立学院与高职院校合并转设工作。经学院研究决定，终止南京中医药大学翰林学院与高职院校的合并转设工作，不再转设为职教本科。