1999年10月，嘉兴市人民政府与上海交通大学签署合作办学意向书，嘉兴市人民政府（1999）100号专题会议纪要作出决定，合作办学的起步阶段安排在嘉兴市建筑工业学校。

2001年7月16日，浙江省人民政府同意嘉兴市人民政府筹建“嘉兴南洋职业技术学院”。

2002年5月18日，“嘉兴南洋职业技术学院(筹)”揭牌，开始运作并招生。

2003年7月23日，嘉兴市建筑工业学校向嘉兴南洋职业技术学院移交154亩校园以及全部资产。

2016年7月，学校从嘉兴市塘汇校区整体迁建至秀洲区大德路校区。