1958年，“绍兴县钱清初级中学”创办，校址位于钱清镇牌轩路。

1972年，更名为“绍兴县钱清中学”，增设高中部。

1998年10月，获评为浙江省重点中学。

2005年，因绍兴县高中教育网点调整，与齐贤中学合并成立“绍兴县鉴湖中学”。

2013年8月，原鉴湖中学拆分为钱清中学与新的鉴湖中学，校址位于钱清镇东江新区。

2013年11月，绍兴县撤县建区，成立柯桥区，学校更名为“绍兴市柯桥区钱清中学”。

2017年1月，获评为浙江省普通高中二级特色示范学校。

2018年8月，韩国普文高等学校师生团访问该校。

2021年，易地新建，总投资3·9亿元，占地面积113亩，校址位于柯桥区钱清街道万绣路。