清华大学深圳研究生院

2000年10月14日，深圳市政府与清华大学签署合作创建清华大学深圳研究生院协议书。

2001年6月8日，清华大学深圳研究生院挂牌成立。

2002年12月，清华大学深圳研究生院成立工程学部、信息学部、管理学部和文理学部。

2003年10月，入驻深圳大学城。

2004年3月，成立生命科学学部。

2010年，将五个学部整合调整为生命与健康、能源与环境、信息科学与技术、 物流与交通、先进制造、社会科学与管理六个学部，同时，筹建海洋科学与技术学部。 根据清华大学的学科布局， 结合深圳地区产业特色，清华大学深圳研究生院规划建设四个创新基地（深海研究创新基地、 能源与环境创新基地、新型光电与先进制造创新基地、下一代网络创新基地），获得市校批准。

2011年7月，海洋学部成立。12月，清华大学海洋技术研究中心成立。

2012年1月，清华大学港澳研究中心落户深圳研究生院。4月，清华大学医院管理研究院落户深圳研究生院。

清华-伯克利深圳学院

2014年9月7日，清华大学、伯克利加州大学（uc-berkeley）和深圳市政府在深圳签署合作协议， 共建清华-伯克利深圳学院（tbsi）。

2015年10月20日，清华-伯克利深圳学院（tbsi）在深圳市南山区南山智园正式揭牌成立。

2016年5月10日，清华大学与伯克利加州大学（uc-berkeley）签署清华-伯克利双硕士学位项目协议， 为伯克利历史上首个在海外举办的双硕士学位项目。

2018年3月26日，清华-伯克利深圳学院国际顾问委员会（eab）成立。

2020年8月5日，清华-伯克利深圳学院二期合作协议签署。

清华大学深圳国际研究生院

2016年11月4日，清华大学与深圳市人民政府签署协议，共建清华大学深圳国际研究生院。

2018年5月7日，清华大学深圳国际研究生院一期工程奠基仪式在深圳大学城举行。11月6日，教育部批复成立清华大学深圳国际研究生院。12月1日，市校签署全面战略合作框架协议。

2019年3月29日，清华大学深圳国际研究生院正式揭牌。5月11日，清华大学深圳国际研究生院院碑揭幕。12月12日，生物医药与健康工程研究院（ibhe）成立。

2020年1月6日，海洋工程研究院（ioe）成立。5月7日，环境与生态研究院（iee）成立。10月9日，材料研究院（imr）成立。11月24日，未来人居研究院（ifhh）成立。

2021年1月21日，人文社会科学部（dhss）成立。4月12日，创新管理研究院（iim）成立。

2023年2月25日，数据与信息研究院（idi）成立。11月5日，市校双方签署全面深化合作协议。