2005年，经教育部批准由莱阳农学院举办独立学院莱阳农学院海都学院。

2007年4月，因办学主体改名青岛农业大学，经教育部批准，莱阳农学院海都学院更名为青岛农业大学海都学院。

2021年4月，山东省教育厅发布公示，青岛农业大学海都学院拟转设为独立设置的民办本科高校。

2022年，学校入选山东省应用型本科高校建设第三批支持单位。

2023年，学校整体搬迁至青岛市姜山新校址。8月，健康养殖现代产业学院挂牌成立。

2024年10月，学校获选中国动物诊疗行业产教融合共同体副理事长单位。

2025年，学校整体搬迁至青岛市城阳区新校址。