青岛大学附属医院的前身为1898年成立的德国海军野战医院。德占青岛初期，所有大型建筑物（如教堂、总督府、观象台等）都选择了高度和位置特别优越和合适的地点，野战医院也不例外。建院地点选定在总督府山（今观海山）和棣利斯山（今信号山）之间的低地，是一块位置向南的、很好的坡地。此处即是今天位于江苏路的青医附院所在地。

野战医院最早的设计是156张病床，并计划建造三幢二层病房楼和一幢隔离病房楼来安置这些床位。

1900年，在短短两年的时间之后，野战医院便被改名或说命名为“大德胶澳督署医院”，俗称“总督府医院”。负责人为德国医学博士马尔梯姆（martim）教授。

1901年，医院的二号病房楼也在年内建成并交付使用。细菌学化验室也可在年底使用。

1902年，医院大体建成。三号病房楼亦接近完工。该病房楼是所有病房楼中最大的一个，设有眼科、耳科和精神病等专科病房，另设有x光透视室和为一位已婚的医院督察、两位医助专门设计的套房以及一间为工作人员使用的、宽敞的礼拜室和其他居住场所。

1903年底，三号病房楼已建成，各楼以及整个院区也接通了自来水和下水道。

1904年底，妇幼临床医院建成并正式开张，并于年内收治了14名妇女和3名儿童。

1906年，总督府医院完成了全部建设。历时九年的建设，让德国人一共花费了198万马克。

1946年，更名为国立山东大学附属医院。

1949年，青岛解放，医院改名为山东大学医学院附设医院，潘作新任院长。

1956年-2013年，医院先后改名为青岛医学院附属医院、青岛白求恩医院、青岛医学院附属医院、青岛大学医学院附属医院。

2013年，更名为青岛大学附属医院。

2023年10月，成为“青岛市感染性疾病专科联盟”常务理事单位。10月26日，成为“青岛市肿瘤（肺癌）专科联盟”副理事长单位。

2024年7月，牵头成立胶东半岛眼科斜视弱视联盟、眼眶病联盟，为联盟成员单位。

2024年9月，青大附院胰腺病诊治中心成立，为胰腺病患者提供了“一站式精准诊疗。