截至2025年4月，吉林农业科技学院有两个校区，分别是九站校区和左家校区，总占地面积198万平方米，其中校内占地面积166·17万平方米，建筑面积30·04万平方米。

九站校区

九站校区位于吉林省吉林市吉林经济开发区九站街道农校社区翰林路77号，建有两座餐饮服务中心楼，包含4座餐厅，分别为广园餐厅、昕园餐厅、盛园餐厅、慧园餐厅。

左家校区

左家校区位于吉林省吉林市昌邑区左家镇左家社区学府路1号。