宁东基地党工委、管委会设下列内设机构：

（一）办公室（审计办）。负责机关日常运转工作。负责机要、财务、信息、文秘、档案、保密、国家安全、政务公开、综合治理、对外联络、新闻宣传、督查考核、内部审计等工作。

（二）党群工作部（机关党委）。负责全面从严治党工作落实。负责党的组织建设、纪检监察、意识形态、精神文明和工会、共青团、妇联等群团组织建设。

（三）经济发展局（统计局）。负责拟订经济社会中长期发展规划和年度发展计划。拟定经济结构发展方向和重点支持建设项目。负责建设项目和技术改造项目审批、核准、备案及监督管理。负责高新技术项目和新产品的审核认定。负责经济社会发展统计工作。牵头协调整顿和规范市场经济秩序工作，推进企业管理服务工作。