学院前身

1941年，南京特别市立第一职业中学创建。

1945年，更名为南京市立第一职业学校。

1947年，更名为南京市立商业学校。

1950年，更名为南京市立财经学校。

1953年，学校划归轻工业部管理，更名为南京工业会计统计学校，中华职教社商科同年并入学校。

1955年，学校划归铁道部管理，更名为南京铁路运输学校。

1958年，学校更名为南京铁道学院。

正式命名

2002年，学校更名为南京铁道职业技术学院。

2004年，成建制由铁道部划归江苏省管理。

2007年，原苏州机电高等职业学校并入学校，设立苏州校区。

2011年，学校全面建成并启用浦口主校区。

2012年，苏州校区并入苏州大学。

2019年7月，被教育部认定为国家优质专科高等职业院校；12月，被教育部、财政部列入第四类高水平专业群建设单位（c档）。

2021年9月30日，通过教育部职业教育与成人教育司组织的现代学徒制第三批试点验收。

2023年12月15日，牵头成立全国智能轨道交通自动化行业产教融合共同体。