1959年2月22日，南通市交通局组织人员实地查勘，选定原南通县安复人民公社为机场场址；同年11月15日，机场正式动工。

1960年4月27日，南通兴东机场竣工。

1961年10月，民航南通站停航，兴东机场作农业飞行基地使用。

1962年，民航南通站撤销。

1964年8月，中国人民解放军南京军区空军在如皋磨头镇老户庄动工建设军用机场。

1984年，为适应对外开放需要，南通市人民政府要求恢复扩建南通兴东机场，江苏省人民政府向中华人民共和国国务院、中国共产党中央军事委员会上报要求重新启用兴东机场的请示。

1985年6月25日，中华人民共和国国务院、中国共产党中央军事委员会批准同意南通市扩建兴东民用机场。

1986年9月，南通市人民政府与中国人民解放军空军部队达成协议，经中华人民共和国国务院和中国共产党中央军事委员会批准，将军用如皋机场改为军民合用，发展南通航空事业。同时，批准成立中国联合航空公司南通分公司。

1987年1月27日，如皋机场首架客机试飞成功；同年3月7日，如皋机场举行南通至北京首航式。

1989年5月，原中国民用航空总局批准兴东机场设计和总概算。

1990年10月18日，南通兴东机场正式奠基。

1992年10月，如皋机场停止联航民用航班；12月31日，南通兴东机场经国家验收合格批准启用。

1993年1月1日，南通兴东机场试航成功；8月24日，南通兴东机场正式建成通航，是江苏最早通航的民用机场，南通市人民政府将中国联合航空公司南通分公司移交如皋市人民政府管理。

1994年1月26日，经中国联合航空公司和如皋市人民政府批准成立如皋联合航空公司；2月18日，如皋机场恢复联航民用航班。

1999年4月1日，如皋机场关闭联航民用航班。

2009年，在中国民用航空华东地区管理局、南通市委市政府召开南通兴东机场建设发展情况汇报会，明确“上海国际航空枢纽辅助机场”的总体定位。

2012年10月，南通兴东机场成立开放申报工作小组，开展国际航班航线落实、联检设施建设等申报工作；南通兴东机场口岸开放被国家口岸委列入国家“十二五”口岸发展规划。

2013年7月24日，中华人民共和国国务院批准将南通兴东机场港口岸列入“开放审理计划”。

2015年3月11日，中华人民共和国国务院正式下发《关于同意江苏南通兴东机场对外开放的批复》。

2016年3月30日，南通兴东机场更名为南通兴东国际机场；7月22日，南通兴东国际机场举行更名揭牌仪式。

2017年3月31日，南通兴东国际机场中国国内、国际及港澳台候机楼行李转盘完成润滑系统安装。

2019年8月18日，南通兴东国际机场新航站楼于零时起启用，原有t2航站楼中国国内、国际及港澳台航站楼及p1、p2停车场停止使用，机场所有航空客运业务转至t3新航站楼。

2024年6月，柬埔寨航空南通—金边航线正式开通。6月27日，由中国外运运营、京东航空执飞的南通至仁川国际货运航线在南通机场成功首航。9月2日至10月26日，东海航空恢复南通往返韩国济州岛国际航线。

2024年12月21日，南通机场年旅客吞吐量突破400万人次，创下通航以来最高记录。今年以来，机场积极抢抓市场恢复期，新开加密多条国内外航线，服务能级显著提升，包括创新“沪通空中一体化”、推进“干支通，全网联”服务模式等。全年客、货运吞吐量增幅均超过10%，南通机场将以400万为新的起点，持续提升机场能级，为南通经济社会高质量发展贡献力量。