2000年6月，经江苏省人民政府批准紫琅职业技术学院创建。

2007年，以良好的成绩通过高职高专人才培养工作水平评估。

2012年6月，开始由江苏江海科教开发有限公司与江苏省教育厅直属教育发展投资中心共同举办。

2013年4月，获得民办事业单位法人证书。

2013年底，学院成为全国非营利性民办高校联盟26个发起单位之一。

2014年5月，教育部下发《教育部关于同意在紫琅职业技术学院基础上建立南通理工学院的函》，正式批准南通紫琅职业技术学院升格为本科院校南通理工学院，办学定位于应用技术类型本科院校。

2023年11月，牵头成立全国石化化工行业产教融合共同体。

2024年9月25日，南通理工学院用友数智学院揭牌成立。

2025年4月17日，南通理工学院与宝尊电商集团、宝悦（南通）电子商务科技有限公司校企合作签约仪式在学校行政楼小礼堂隆重举行。7月13日下午，民盟南通理工学院支部成立大会在南通理工学院紫琅厅顺利举行。