截至2025年5月，学校有3个校区，占地面积3300余亩，建筑面积120余万平方米。分别是南通市啬园路9号的啬园校区，启秀路19号的启秀校区，启东市高新技术产业开发区南海路1号的启东校区。

啬园校区

啬园校区位于南通市啬园路9号，占地129公顷，校区规划目标是建设成为21世纪具有江南水乡特色的一流大学校园，实现环境生态化、景观园林化、校园人文化。啬园校区是本科生、研究生教育的主要基地，科技创新与社会服务的主体功能区，对外合作与开放交流的窗口，内部治理的行政中枢。主校区以张謇号“啬”字命名，旨在秉承先校长提出的“祈通中西 力求精进”的校训精神和“学必期于用 用必适于地”“道德优美 学术纯粹”的办学理念，体现学校文化特色，彰显学校精神和文化积淀。

启秀校区

启秀校区位于启秀路19号，南通中心风景秀丽的濠河之畔。它东倚文峰公园，北邻南通博物苑，分为北区和南区，共有四个门，校内有一个食堂、一个操场，还有两个浴室分布在南北两侧。南通大学启秀校区

钟秀校区

钟秀校区位于启秀路19号，有西北门和南门，校内共有两个操场和一个食堂。

校园环境