截至2024年12月，学校官网显示，内蒙古医科大学坐落于内蒙古自治区首府呼和浩特市，设有金山校区（主校区）、新华校区、锡林校区及红山口教学基地，总占地面积123·19万平方米，总建筑面积为52·69万平方米。

金山校区

金山校区位于内蒙古自治区呼和浩特市金山经济技术开发区。

新华校区

新华校区位于内蒙古自治区呼和浩特市回民区新华大街5号。

锡林校区

锡林校区位于内蒙古自治区呼和浩特市赛罕区锡林南路60号。