南开校友总会的会员单位包括南开大学、天津市南开中学、天津市第二南开中学、重庆南开中学、自贡市蜀光中学、南开大学滨海学院、天津市南开翔宇学校、天津市兴南中学、重庆南开（融侨）中学 、南开大学附属中学、南开大学附属小学等十一所系列学校，已经形成地方校友会、学科校友会、行业俱乐部、年级理事会等四个维度的组织形式。地方校友会目前已达94个，其中海外35个，国内实现34个省级区域全覆盖。学科校友会21个，行业校友会6个，年级理事600余人。

南开校友总会秘书处设在南开大学内，坐落于美丽的新开湖畔。作为校友之家，南开校友总会热情欢迎各地南开校友荣归母校，共叙友情。