江苏省中医进修学校（1954·10-1956·03）

江苏省中医进修学校于1954年10月15日创建。学校创建后不久即开始开展中医进修和针灸专修教育，自此新中国中医教育有了自己培训专门人才的基地，使新中国中医教育从无到有。

江苏省中医学校（1956·03-1958·08）

1956年3月，江苏省中医进修学校更名为“江苏省中医学校”。期间，学校中医、针灸方面的进修教育规模不断扩大，办学形式更加多样。1958年2月，江苏省中医研究所迁入合署办公。

南京中医学院（1958·08-1970·05）

1958年8月，江苏省中医学校更名为“南京中医学院”。学校在继续进行成人进修教育的同时，开始了正规的本科教育，分别于1958年和1960年招收医疗专业和中药专业本科生。1958年9月，江苏省中医院划给南京中医学院为附属医院。1959年5月，江苏省卫生厅委托南京中医学院党委领导江苏省中医研究所。

江苏新医学院（1970·05-1978·03）

1970年5月，南京中医学院与南京医学院（今南京医科大学）合并成为江苏新医学院。在这特殊的年代，由于受到政治浪潮的汹涌冲击，中医教育滑入低谷。招收工农兵学员继续学习中医药，使中医药教育在曲折中生存下来。

南京中医学院（1978·03-1995·02）

1978年3月，江苏新医学院撤销，恢复南京中医学院和南京医学院。这时期中医高等教育开始复苏，并逐步走向振兴和繁荣。1979年，学校成为首批招收攻读硕士学位研究生试点单位。1981年，学校中医内科学经国务院批准成为全国首批博士学位授权点，中医基础理论等8个专业获批为全国首批硕士学位授权点。1983年，学校被确认为who传统医学合作中心。1991年6月，江苏省中医研究所党组织关系转回江苏省卫生厅。

南京中医药大学（1995·02-）

1995年2月，南京中医学院更名为“南京中医药大学”。同年，学校建立国内首批中医学博士后科研流动站。1998年，学校成为国家临床医学专业学位研究生教育首批试点单位，并经国务院学位委员会批准设立生药学二级学科硕士学位授权点。2000年和2003年，学校又相继获批了药理学和药剂学二级学科硕士学位授权点。2011年，学校经国务院学位委员会批准设立药学一级学科硕士学位授权点。同年7月23日，江苏省人民政府与国家中医药管理局共建南京中医药大学协议签字仪式在南京举行。2014年，学校药学一级学科硕士学位授权点批准设立为药学硕士专业学位授权点。2015年，学校获批中医学一级专业学位授权点，下设9个二级学位授权点（8个博士点和1个硕士点）。同年12月22日，学校与北京中医药大学、上海中医药大学、广州中医药大学、成都中医药大学共同建立“创建世界一流中医药大学合作联盟”（2017年9月更名为“世界一流中医药大学建设联盟”，并正式吸纳天津中医药大学为新成员单位）。2017年，学校入围国家“双一流”建设高校、江苏高水平大学建设高校。2018年，学校成为教育部和江苏省共建“双一流”建设高校。2019年，学校成为长三角医学教育联盟创始成员单位。2020年，学校成为教育部、江苏省人民政府和国家中医药管理局共建高校。2022年，学校入选第二轮“双一流”建设名单。