学科建设

截至2025年3月，学校有国家“双一流”建设学科1个，江苏高校优势学科4个，“十四五”省重点学科8个，国家中医药管理局高水平中医药重点学科13个；有5个一级学科博士学位授权点、1个博士专业学位授权点、12个一级学科硕士学位授权点及9个硕士专业学位授权点，4个博士后科研流动站；药理学与毒理学、临床医学、化学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、分子生物学与遗传学、农业科学等7个学科进入esi全球排名前1%，其中，药理学与毒理学学科进入esi前1‰。

南京中医药大学学科建设

国家“双一流”建设学科	中药学
国家重点学科	中医儿医学、中药学、中医医文史献、中医内科学（培养）、中医学（培养）
江苏高校优势学科	中医学、中西医结合、护理学、药学
“十四五”江苏省重点学科	基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、医学技术、生物学、公共管理学、人文医学
国家中医药管理局高水平中医药重点学科	温病学、中医文献学、方剂学、中医脾胃病学、中医妇科学、中医儿科学、中医护理学、中药炮制学、中医心病学、中医肿瘤病学、中医骨伤科学、中药资源化学、伤寒学
一级学科博士学位授权点	中医学、中药学、中西医结合、护理学、药学
一级学科硕士学位授权点	中医学、中药学、中西医结合、药学、 护理学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学、科学技术史、软件工程、公共管理学
博士专业学位授权点	中医
硕士专业学位授权点	中医、中药、药学、护理、医学技术、针灸、应用心理、国际中文教育、公共管理

师资力量

截至2025年3月，学校拥有中国工程院院士，国医大师，国家级领军人才，国家级青年人才，国家科技重大专项、“973计划”、国家自然科学基金重大项目、国家社科基金重大项目、国家重点研发计划等重大项目首席科学家，国务院学位委员会学科评议组成员，国家级教学名师，全国名中医，岐黄学者，“百千万人才工程”国家级人选等中国国内外专家学者。

南京中医药大学师资力量

中国工程院院士	吴以岭（双聘院士）、肖伟
国医大师	张学文、周仲瑛、颜正华、夏桂成、许润三、邹燕勤
国务院学位委员会第八届学科评议组成员	方祝元、谭仁祥
长江学者	麻彤辉
中医药传承与创新“百千万”人才工程岐黄学者	程海波、方祝元、曹鹏
国家杰出青年科学基金获得者	麻彤辉、沈旭

教学建设

截至2025年3月，学校有国家一流本科专业建设点10个，省级一流专业建设点19个，江苏省品牌专业10个；学校与中国科学院上海药物研究所、中国中医科学院、江苏康缘药业股份有限公司等院所企业合作，联合培养卓越医生（中医学本博连读拔尖创新人才、中医学“5+3”一体化拔尖创新人才、中西医临床医学本博贯通培养拔尖创新人才）、卓越科学家和卓越工程师（中药学本博贯通联合培养拔尖创新人才“屠呦呦班”、“新中药学院班”）；学校有国家级大学生校外实践教育基地1个，省级实验教学与实践教育中心11个。

南京中医药大学教学建设

国家级特色专业建设点	中医学（第一临床医学院）、中药学（药学院）、护理学（护理学院）、针灸推拿学（针灸推拿学院·养生康复学院）、中药资源与开发（药学院）
国家专业综合改革试点项目	中药学（药学院）、中医学（第一临床医学院）
国家卓越医生（中医）教育培养计划改革试点	中医拔尖创新人才培养模式改革（9年制）（第一临床医学院）、中医拔尖创新人才培养模式改革（“5+3”一体化）（第一临床医学院）、五年制本科人才培养模式改革（第一临床医学院）
国家一流专业建设点	中医学（第一临床医学院）、中药学（药学院）、药学（药学院）、中西医临床医学（中医学院·中西医结合学院）、护理学（护理学院）、针灸推拿学（针灸推拿学院·养生康复学院）、中药资源与开发（药学院）、康复治疗学（针灸推拿学院·养生康复学院）、计算机科学与技术（人工智能与信息技术学院）、公共事业管理（卫生经济管理学院）
省级一流专业	食品卫生与营养学（针灸推拿学院·养生康复学院）、应用心理学（医学院·整合医学学院）、生物制药（药学院）、食品质量与安全（药学院）、中药制药（药学院）、国际经济与贸易（卫生经济管理学院）、药事管理（卫生经济管理学院）、信息管理与信息系统（卫生经济管理学院）、眼视光学（第一临床医学院）、制药工程（药学院）、药物制剂（药学院）、市场营销（卫生经济管理学院）、软件工程（人工智能与信息技术学院）、中医儿科学（第一临床医学院）、中医养生学（针灸推拿学院·养生康复学院）、临床医学（医学院·整合医学学院）、助产学（护理学院）、健康服务与管理（卫生经济管理学院）、医学信息工程（人工智能与信息技术学院）
省级品牌专业	中医学（第一临床医学院）
省级品牌专业建设点	中药学（药学院）
省级特色专业	中药学（药学院）、针灸推拿学（针灸推拿学院·养生康复学院）、护理学（护理学院）
省级特色专业建设点	中药资源与开发（药学院）、公共事业管理（经贸管理学院）、国际经济与贸易（经贸管理学院）
省级重点专业	中医学类（基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院）、中药学类（药学院）、公共管理类（经贸管理学院）、药学（药学院）、护理学（护理学院）
省级一流专业建设点	食品卫生与营养学、应用心理学、生物制药、食品质量与安全、中药制药、国际经济与贸易、药事管理、信息管理与信息系统、眼视光学、制药工程、药物制剂、市场营销、软件工程、临床医学、中医儿科学、中医养生学、助产学、医学信息工程、健康服务与管理
国家级精品课程	温病学、中医儿科学、中医内科学、中药炮制学、中医内科护理学、中医诊断学
国家级大学生校外实践教育基地	南京中医药大学-南京中医药大学附属医院（江苏省中医院）临床技能综合培训中心
省级实验教学与实践教育中心	药学（化学）实验教学中心、护理实验教学中心、临床基础实验教学中心、中西医基础实验教学中心、信息技术实验教学中心、针灸推拿实验教学中心、基础医学实验教学中心、康复医学实验教学中心、中药学学科综合训练中心、社区护理实践教育中心、中药制药实践教育中心
全国中医师资进修教育基地	针灸推拿学学科点

合作交流

1994年，南京中医药大学与澳大利亚墨尔本皇家理工大学合作开办中医学专业。