主校区

截至2024年6月，南京信息工程大学学校主校区坐落于江苏省南京江北新区，占地2000余亩。

金牛湖校区

金牛湖产教融合园区位于安徽省滁州市天长市金牛湖新区纵二路28号。校区规划用地面积约1000亩，主要建设5个学院、1个野外观测站。2021年9月22日上午，南京信息工程大学金牛湖校区举行启用仪式。南京信息工程大学金牛湖产教融合园区是南京信息工程大学与安徽省天长市人民政府合作共建的长三角一体化产教融合园区，是南京都市圈建设重点项目之一，主要面向长三角区域经济社会发展需求，打造产教融合平台。

该校区的职能机构为园区管理委员会、天长研究院，在园区管理委员会之下细分为：综合管理部、后勤服务部、教学事务部、学生事务部。

截至2023年3月，金牛湖校区开设专业为：计算机科学与技术、网络工程、物联网工程、信息安全、自动化、电气工程及其自动化数据科学与人数据技术、通信工程、电子信息工程、电子科学与技术、电子信息科学与技术、微电子科学与工程、财务管理、市场营销、人力资源管理、会计学、法学、金融工程、测绘工程、地理信息科学、环境科学与工程、环境工程、应用化学。

无锡校区

无锡学院是一所经教育部批准，由江苏省人民政府管理、无锡市人民政府举办、南京信息工程大学支持办学的公办普通本科高校，其前身为创建于2002年5月的南京信息工程大学滨江学院，学院位于无锡市锡山大道333号。截至2024年4月，校园占地面积1100余亩，建筑总面积38·4万平方米，有在校本科生1·2万余人、留学生近300人，与南京信息工程大学联合培养研究生800余人，有专任教师近700人。

截至2024年4月，学院设有物联网工程学院、网络安全与信息化学院、电子信息工程学院、集成电路科学与工程学院、自动化学院、轨道交通学院、环境工程学院、大气与遥感学院、理学院、数字经济与管理学院、应急管理学院、人文法政学院、传媒与艺术学院、应用技术学院、马克思主义学院、国际教育学院、体育部等17个教学单位，6个硕士点（与南信大联合培养），46个本科专业，覆盖理、工、文、管、经、法、艺等七大学科门类。

无锡学院的职能机构为：党委、院长、保密、法制办公室，党委组织部、党委统战部（党校），党委宣传部，党委教师工作部、人事处，纪委办公室、监督检查处、审查调查处，工会，团委，国际合作与交流处、港澳台事务办公室，发展规划处、高等教育研究所，教务处、教学评估中心，党委学生工作部、学生工作处、人民武装部，实验室与设备管理中心，科技处，财务处，审计处，后勤管理处（基建处），党委保卫部、保卫处，图书馆，信息化建设与管理中心，学科建设与研究生管理处，档案馆。