1953年9月，在教育家陈鹤琴先生、吴贻芳女士倡导下，南京师范学院附属幼儿师范学校成立。

1972年，南京师范学院附属幼儿师范学校在“无产阶级文化大革命”期间停办。

1981年后，南京师范学院附属幼儿师范学校复校，改建为江苏省南京幼儿师范学校。

1983年，江苏省南京幼儿师范学校更名为江苏省幼儿师范学校，同年开办学前教育专科班。

1985年，江苏省幼儿师范学校承担“中国-联合国儿童基金会合作培训幼教师资”项目，同年被确定为江苏省幼教师资培训中心，直属江苏省教育委员会；后逐渐发展为南京审计大学金审学院学前教育专业。

2002年9月，南京审计学院开始申办金审学院，金审学院由培训中心等单位投资，利用南审的办学资源和条件进行筹建，实行董事会领导下院长负责制。11月20日，时任国家审计署审计长李金华亲自题写院名。12月31日，南京审计学院经江苏省教育厅批准成立本科层次的公有民办二级学院——金审学院。

2005年6月，南京审计学院金审学院按教育部要求转制为独立学院，也是全国唯一一所以培养审计人才为主的独立学院。

2008年10月，南京审计学院金审学院当选为中国独立学院协作会江苏省分会副秘书长单位。

2015年11月17日，经教育部批准同意，南京审计学院更名为南京审计大学，南京审计学院金审学院同时更名为南京审计大学金审学院。

2018年，南京审计大学金审学院当选为江苏省产教融合研究会常务理事单位、驻宁独立学院艺术设计类教育联盟创始成员单位。

2021年，南京审计大学金审学院被评为“2020年高校毕业生就业工作量化考核a等高校”。同年4月7日，学院与中研绿色金融研究院共建江苏省内高校中首家绿色金融研究机构——绿色金融与可持续发展研究院。

2023年12月，南京审计大学金审学院联合中共栖霞区委宣传部、栖霞区新时代文明实践中心及南京工业职业技术大学、南京师范大学、南京中医药大学、南京信息职业技术学院等四所高校以及仙林街道，共建“栖霞区文明实践共同体校地联盟”。

2024年12月28日，全国财税大数据应用产教融合共同体成立大会暨第一届理事大会在北京召开，南京审计大学金审学院成为首批全国财税大数据应用产教融合共同体成员单位。

2025年4月30日，南京审计大学金审学院设立人工智能产业学院，并与相关企业签署共建协议，深化校企产教融合，培养兼具理论与实践能力的人工智能专业人才。