卫岗校区

卫岗校区占地约915亩，其中校园用地为705亩，家属区约80亩，卫岗校区牌楼实验实习基地约130亩；各类校舍49·76万㎡，是学校目前办学的主校区，容纳全日制在校生20000余名。

浦口校区

浦口校区占地713亩，其中校园用地523亩，家属区40亩，校内不可利用山体150余亩；各类校舍14·32万平方米，容纳全日制在校生6000余名。

滨江校区

滨江校区位于南京江北新区长江之滨，与浦口校区同处长江北岸，与“卫岗”相呼应，形成南农“依山傍水”办学格局。滨，水边或近水的区域，亦指“靠近”；江，多专指长江；滨江校区濒临长江，其命名与自然地理风貌浑然天成，校区1号门（礼仪门）外为滨江大道，其命名与行政区域定位一脉相承。

白马教学科研基地

南京农业大学白马教学科研基地位于南京白马农业科技园区科技创新核心区，占地面积5050亩，总建筑面积15·20万平方米，计划总投资8·22亿元，2010年4月获得教育部批准立项建设。基地空间根据单元结构和性质划分为五类功能各异又相互联系的主要区域：专业科教区（东、西两区）2665亩、创新与创业区742亩、中心展示区847亩（含中心湖）、教学生活区514亩、公共管理与服务区282亩。