前身溯源

中央大学农学院

中央大学农学院的前身可追溯至张之洞于1902年在三江师范学堂设立的农学博物科，后改为两江师范学堂农学博物科。1917年南京高等师范学校添办农业专修科。1920年12月，国立东南大学在南京高等师范学校的基础上创建，1921年设立农科。1922年并入东南大学农科。1923年，南京高等师范学校正式撤销。自1927年开始，东南大学改名为第四中山大学，合并前江苏省立第一农业学校，农科改为农学院。1928年2月更名为江苏大学农学院，同年5月改称中央大学农学院。1937年9月，农学院随中央大学西迁重庆，在重庆沙坪坝松林坡修建了简易校舍，后又在柏溪建新校区供一年级新生使用。农学院畜牧兽医系迁至成都华西坝四川省家畜保养所。1946年11月，农学院随中央大学迁回南京。

金陵大学农学院

合并发展

南京农学院

1952年，全国高校院系调整，以金陵大学农学院和南京大学农学院为主体，以及浙江大学农学院部分系科，合并成立南京农学院，定址丁家桥。1963年，学校被国务院确定为全国重点大学。1970年9月，南京农学院农业机械化分院迁至江苏镇江，并入镇江农业机械学院（现江苏大学）。1972年，学校搬迁至扬州，与苏北农学院（现扬州大学）合并成立江苏农学院。1979年，学校迁回南京，恢复南京农学院。1981年11月，经国务院批准，学校成为全国首批博士、硕士学位授予单位。

南京农业大学

1984年，南京农学院更名为南京农业大学。1996年进入“211工程”建设行列，开启了向高水平研究型大学的战略转型。2000年，学校由农业部独立建制划转教育部，并获教育部批准建立研究生院。2008年，南京农业大学入选为教育部教育援外基地。2009年，教育部与农业部共建南京农业大学。2014年，学校入选国家卓越农林人才教育培养计划。2017年9月，学校入选为“双一流”建设高校。2019年8月，入选教育部全国创新创业典型经验高校。

2020年7月，入选第二批高校国家知识产权信息服务中心建设名单。10月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校。11月6日，倡议发起的“全国农科研究生志愿服务联盟”成立。

2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。

2022年2月14日，入选教育部公布的第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单。 11月24日，南京农业大学大方生物产业研究院在泰州医药高新区（高港区）揭牌。11月27日，生物育种钟山实验室在南京揭牌，中国工程院院士、南京农业大学万建民教授受聘为钟山实验室主任。南京市、江苏省农业科学院、南京农业大学、扬州大学签署共建生物育种钟山实验室协议。

2023年7月17日，学校倡导发起的亚洲农业科教创新联盟在海南三亚成立，联盟秘书处将设在南京农业大学。

2024年1月7日，学校馆藏珍贵古籍《齐民要术》（明嘉靖三年马纪刻本）复制本8册被中国国家版本馆永久收藏。5月，南农大农业健康研究中心成立，该研究中心依托南京农业大学前沿交叉研究院运行。6月15日，南京农业大学成立国家安全与国防教育中心。10月20日，南京农业大学滨江校区正式启用。10月26日，南京农业大学淹城小熊猫繁育研究专家工作站揭牌。12月11日，ai生物模型产业研究院在南京农业大学签约成立。

2025年7月，南京农业大学福安葡萄产业科技研究院在溪柄镇揭牌。