截至2025年5月，南京理工大学共有3个校区，分别是南京校区、江阴校区和盱眙校区（在建）。

南京校区

南京理工大学南京校区位于江苏省南京市玄武区孝陵卫街道孝陵卫街200号，占地3200亩，校舍建筑总面积118万平方米，固定资产总值58·4亿元，各类基础设施齐全，后勤服务系统完善，图书馆收藏280余万件印刷型文献、1100余万册各类电子型及数字型文献信息资源，主要聚焦核心办学功能提升，是学校传承办学文化、筑牢发展根基、扩大办学影响的主阵地，是支撑学校人才培养、科学研究等事业的核心校区。

江阴校区

南京理工大学江阴校区位于江苏省江阴市福星路8号，占地1115亩，校舍建筑总面积32万平方米，主要聚焦国家战略实施和国际化办学，依托地方区域和产业优势，是建设服务“两个强国”先行区、新工科办学先试区、国际化办学示范区。盱眙产学研合作基地、科研试验基地和水下科学实验中心正在建设中，主要聚焦国防科技创新和成果转化，充分发挥地方资源优势，加强科教融合、产教融合，提升新域新质科研试验能力，是以陆海空天信深度融合的科研试验基地为主的功能校区。南京理工大学江阴校区

盱眙校区

南京理工大学盱眙校区位于江苏省盱眙县，总建筑面积14万平方米，旨在打造一所集教学区、试验区、科研区为一体，功能完备的智能化高等教育学校校区。盱眙产学研合作基地、科研试验基地和水下科学实验中心正在建设中，主要聚焦国防科技创新和成果转化，充分发挥地方资源优势，加强科教融合、产教融合，提升新域新质科研试验能力，是以陆海空天信深度融合的科研试验基地为主的功能校区。