前身溯源

南京化工大学

在清政府为“兴学育才”试行“新政”《人才为政事之本》的背景下，1902年，署理两江总督刘坤一、张之洞和魏光焘正式创办三江师范学堂。1905年因省界纠纷问题受到当地士绅反弹，最终于1906年更名两江优级师范学堂。

民国建立后，1915年校长江谦重新修葺学校，正式变更南京高等师范学校；1923年7月，南京高等师范学校全部归并进国立东南大学。 1927年3月中旬，由于政局动荡国立东南大学被迫停课，同年6月，教育行政委员会将国立东南大学等9所公立学校合并为国立第四中山大学，设有化工系。1928年2月，国立第四中山大学改名为国立江苏大学；因师生强烈异议，同年5月，学校再更名为国立中央大学，经历8年的抗日战争后，1945年学校开展复员东还工作，并对教学重新设置，其中工学院下设置化工等7个系。1949年8月，国立中央大学改名为国立南京大学，1950年10月经政务院核定，学校去除“国立”二字改成“南京大学”。

1952年，中国开始实施第一个五年计划，以南京大学工学院电机、机械、土木、建筑、化工等5个系，以及农学院的农业工程系为基础，与金陵大学电机、化工两系合并，成立南京工学院。（金陵大学是1910年由美国各差会联合创办的教会大学，于1921年设化学系和工业化学科）

1958年8月，南京工学院化工系从学校分出，单独创建南京化工学院。1995年4月，南京化工学院更名为南京化工大学。

南京建筑工程学院

1915年下半年，在贝伦子倡议，江苏省当局支持下，同济德文医工学堂（同济大学的前身）增设机师科。1922年，教育部批准学校改称“同济医工大学“，机师科随之改为附设中等机师科。1926年更名为附设机师学校。1927年，南京国民政府成立后，再更名为国立同济大学附设机师学校。

1933年，合并国立劳动大学后，学校改为国立同济大学附设高级职业学校，设土木、机械二科。1935年，改为国立同济大学附设高级工业职业学校。1950年11月，改由华东工业部领导后，学校更名为华东工业部同济高级工业学校。1951年秋，学校从上海迁址南京市。1953年，原同济高级工业学校土木科扩建为南京建筑工程学校。1980年，升格为南京建筑工程学院。

合并发展

2001年2月，教育部同意南京化工大学更名为南京工业大学；同年5月，原南京工业大学与南京建筑工程学院合并组建新南京工业大学。

2010年6月，学校入选教育部首批“卓越工程师教育培养计划”试点高校；同年10月，入选专业学位研究生教育综合改革试点高校；11月12日，正式成为国家知识产权培训（江苏）基地；2012年，学校入选国家“特色重点学科项目”建设高校。2012年7月，住房和城乡建设部与江苏省人民政府共建南京工业大学，支持其土木工程、建筑等学科建设。2013年1月，学校入选国家级大学生创新创业训练计划项目；同年5月，入选高等学校创新能力提升计划（2011计划）。

2016年6月，国家国防科技工业局与江苏省人民政府共建南京工业大学；同年，2016年度“高等学校学科创新引智计划”（即“111计划”）。2017年1月，学校入选全国首批深化创新创业教育改革示范高校；同年3月，学校成为江苏省综合评价录取改革试点11所高校之一；12月，学校入选“全国高校实践育人创新创业基地”和教育部首批“中美青年创客交流中心”；同年，学校获批“孔子学院奖学金接收院校”资质，材料化学工程国家重点实验室入选科技部“创新人才培养示范基地”。

2018年3月，学校入选教育部首批“新工科”研究与实践项目。2019年10月，学校发起成立长三角高等工程教育大学科技园联盟；同月，通过首批高等学校来华留学质量认证，以及被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校。

2020年11月，学校入选国防教育特色学校名单。2021年12月，2011膜产业学院入选首批现代产业学院公示名单。2023年11月30日，2023中国安全应急产业大会在佛山南海千灯湖畔举行，全国石化化工行业“工业互联网+安全生产”产教融合共同体成立，南京工业大学成为产教融合共同体的组织单位。同年12月，入选全国首批工程类专业学位研究生在线示范课程之一，是江苏高校唯一入选的课程。

2024年4月，获得2项2023年度中国轻工业联合会科学技术奖；5月，学校首次获江苏省艺术基金立项。12月，南京工业大学江苏省卓越工程师学院成立。

2025年3月26日，南京工业大学概念验证中心揭牌。7月，南京工业大学无废城市研究院正式揭牌成立。