学校前身

1956年6月28日，粮食部发文，决定由江苏、浙江、福建、安徽等四省粮食厅和上海市粮食局联合筹办南京粮食中等专业学校。1956年12月13日，粮食部批转高教部同意建校的通知，学校隶属粮食部。

1957年4月2日，粮食部发文:原定的中等专业学校改为专业干校，定名为粮食部南京粮食干部学校，隶属粮食部。次年，2月14日粮食部二次发文改称学校为:粮食部南京粮食干部学校，并称学校正式成立，隶属粮食部。1959年4月15日粮食部发文将学校再次更名为：粮食部南京粮食学校。

1970年9月26日，商业部发文:学校下放给江苏省管理。1973年10月28日，粮食部南京粮食学校更名为江苏省粮食学校，隶属江苏省。

1979年10月29 日，根据粮食部指示，为学校实行部与省双重领导以部为主的新体制，江苏省粮食学校更名为南京粮食学校。1981年7月11日，经国务院批准，教育部发文，学校更名为南京粮食经济学院，由粮食部与江苏省双重领导，以粮食部为主。因国家机构改革，1982年学校归属商业部管理。1993年5月6日，国家教委发文:南京粮食经济学院更名为南京经济学院，隶属国内贸易部。

合并发展

1999年10月26日，南京物资学校并入南京经济学院。2000年2月15、16日，教育部先后发文，同意南京经济学院、江苏财经高等专科学校、江苏经济管理干部学院三校合并组建新的南京经济学院并筹建南京财经大学。2003年4月28日，教育部发文同意南京财经大学正式成立。2006年，学校在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀。

2011年12月2日，江苏省人民政府与国家粮食局签约共建南京财经大学。2012年，学校被评为首批“江苏省教学工作先进高校”。2017年，学校顺利通过本科教学工作审核评估。

2019年，国家粮食和物资储备局与江苏省人民政府签署战略合作协议，全力支持学校事业发展。

2019年11月，南京财经大学篆刻传承基地入选《2019年全国普通高校中华优秀传统文化传承基地名单》。

2020年8月，南京财经大学粮食和物资学院正式成立。

2021年9月，被确定为江苏高水平大学建设高峰计划建设高校。

2022年9月，入选首批粮油国际标准研究中心名单。