南昌中学始创于1902年（清光绪二十八年），其前身为南昌九县（南昌、新建、奉新、进贤、靖安、武宁、铜鼓、修水、丰城）联立洪都中学，由南昌府洪都书院更名而立，曾用“南昌府洪都中学堂”、“南昌府洪都中学校”、“南昌公立洪都中学校”、“南昌九县公立洪都中学校”、“南昌九县共立洪都中学校”、“南昌九县联立洪都初级中学校”、“南昌九县联立洪都中学校”等校名。

1914年，南昌九县联立洪都中学收归省管，一度中止。

1925年，南昌九县联立洪都中学恢复，迁校园于民德路298号；抗日战争期间，为躲避战乱，迁转于进贤、东乡、南城、吉水等地，并建分校数处。

1946年，南昌九县联立洪都中学迁回南昌复校。

1949年5月，南昌人民欢庆解放，人民政府接管了洪都中学，同年11月10日，江西省教育厅令洪都中学改称南昌市立中学，并于同日开学，当年有高中4个班，初中8个班，学生共450人；市教育局局长何恒兼任市中校务委员会主任委员。

1950年9月，南昌市立中学改为校长制，梁再任市中校长，后由张洪椿继任。

1951年10月，私立行健中学和私立章江中学合并，改称南昌五中。

1953年8月，以南昌市立中学为基础，合并南昌五中，定名为南昌市立中学；同年10月12日，南昌市立中学奉令更名为南昌市第三中学，简称南昌三中，金立强调任校长。

1963年，南昌市第三中学被定为省级重点中学。

1996年，为适应学校进一步发展的需要，市政府将位于市二七北路238号一处占地56亩、投资3600多万元的全新学校划拨给南昌市第三中学，使学校形成了一校两部新格局。

2005年9月，南昌市第三中学第七届教职工代表大会第一次会议回顾学校百年办学历史，认真总结近五年来的学校工作，深入研究学校改革发展建设问题，审订颁布了《南昌三中发展规划》。

2012年，高中部搬迁至青山湖区青山湖大道342号。

2013年，南昌市第三中学开办了国际班，国际班为学生提供全球论证的gac课程、ap课程和安全广泛的出国留学通道，毕业生可申请美、英、加、澳、新等英语为母语国家的大学，成为南昌教育对外开放交流的窗口。

2016年4月，经市教育局批准，南昌市第三中学正式组建成立了南昌市第三中学教育集团。

2022年11月6日，南昌三中隆重举行建校120周年庆祝大会。

2025年1月1日，经南昌市委编办、市委教育工委批准同意，南昌市第三中学与南昌市八一中学合并，正式组建为南昌中学教育集团（nanchang high school）。即日起，南昌市八一中学高中部更名为南昌中学三经路校区，初中部更名为南昌中学叠山路校区。