1999年4月，浙江省人民政府发文批准宁波大学科学技术学院成立，是为浙江省首家进行高校体制改革试点的国有民办二级学院；同年6月，成立大会在新芝宾馆举行。

2004年11月，宁波大学科学技术学院经中华人民共和国教育部确认为浙江省首批独立学院；同年12月，通过教育部办学条件和教学工作专项检查，并获得最高等级评价。

2005年3月，宁波大学科学技术学院成立人文分院、法商分院、理工分院和生命医学分院等四个分院，设立党政办、人事部、教学科研部、财务部、学工部、后勤部等六个行政职能部门和实验中心一个教辅单位。

2006年2月，宁波大学科学技术学院成立宁波大学科技学院艺术分院。

2010年，宁波大学科学技术学院人文分院、法商分院、理工分院、生命医学分院、艺术分院撤销，设立人文学院、信息工程学院、法商学院、设计艺术学院、生命医学学院和机械与建筑学院。

2012年4月，浙江省学位委员会核准宁波大学科学技术学院具有学士学位授予权。

2015年7月，宁波大学科学技术学院被列为浙江省应用型建设试点本科院校；同年8月，宁波大学与慈溪市人民政府正式签署合作共建宁波大学科学技术学院的协议，标志着学院迁建慈溪办学工作正式启动。

2017年，宁波大学科学技术学院通过浙江省独立学院规范设置验收；同年5月，新校区迁建工程奠基仪式在慈溪举行；同年6月，成立应用技术学院。

2019年9月，学院整体从浙江省宁波市镇海区迁址到慈溪市办学。

2022年10月12日，宁波大学科学技术学院与慈溪周巷镇人民政府签署校地战略合作协议，双方将在慈溪周巷镇共建宁大科院首个分校区——周巷校区。

2023年9月，宁波市第二医院、哈尔滨工程大学机电工程学院、宁波大学科学技术学院三方合作共建的“医工智造研究中心”在宁波大学科技学院正式签约并揭牌。