1999年，学院经教育部批准建立。

2005年6月22日，江苏省教育厅批准南京邮电大学通达学院成立董事会（即现理事会），由谢玲、唐金土、杨震、薛济萍、曹雪虹、刘陈、朱永平、王良元、朱洪波等9人组成，谢玲任董事长，唐金土、杨震任副董事长。同月，教育部正式批准将南京邮电大学民办二级学院通达学院改办为独立学院。

2005年11月2日，江苏省教育厅同意南京邮电大学通达学院董事会（理事会）聘用曹雪虹为该院院长。

2012年，根据江苏省委、省政府关于优化全省高等教育结构和布局的调整方案，南京邮电大学与扬州市人民政府合作，在荣获联合国人居奖、素有“淮左名都，竹西佳处”之称的历史文化名城扬州共建通达学院新校区。

2014年12月，南京大学出版社通达学院出版中心成立。

2017年11月，南京邮电大学通达学院科学技术协会成立。

2020年12月，成功申报江苏省大学生创新创业实践教育中心建设点。

2022年4月24日，南京邮电大学通达学院数据科学与大数据技术专业顺利通过学士学位授权评审。

2023年12月，学校获评“江苏省绿色学校（高校）”、“扬州市文明校园”称号。

2024年2月5日，南京邮电大学通达学院信息安全专业获批国控布点专业。

2024年4月9日，南京邮电大学通达学院申报的集成电路设计与集成系统、大数据管理与应用两个专业获批为学士学位授权专业。