南阳市政协机关机构设置如下：

办公室：秘书科，人事科，行管科，委员联络科，离退休人员工作科

研究室：综合科，信息宣传科

委员联络和信访工作室

提案委员会

经济委员会

农业委员会

教科文卫体委员会

民宗台港澳侨委员会

社会和法制委员会

学习文史资料委员会

县级政协工作委员会

办公室下设两个事业单位：机关接待服务处、机关事务管理处