截2024年4月，学校有方山、莫愁和晓庄（行知园）三个校区，总面积达1500亩。晓庄（行知园）校区是陶行知先生当年办学原址的核心区域、生活教育理论发源地和实践地。其中晓庄（行知园）校区内建成全国第一家师德教育馆，2023年南京晓庄学院行知园获授“中国民主同盟传统教育基地”。

方山校区

方山校区为主校区，所在地址为江苏省南京市江宁区弘景大道3601号。

莫愁校区

莫愁校区，地址为江苏省南京市建邺区北圩路41号。

晓庄校区

最新建设的校区为晓庄校区（行知园），地址是江苏省南京市栖霞区晓庄中心村132号。2021年在晓庄（行知园）校区内建成全国第一家师德教育馆。2023年南京晓庄学院行知园获授“中国民主同盟传统教育基地”，校区努力打造成全国师德教育基地和行知教育思想传承、实践和创新基地。