1958年1月，铁道部将原上海铁路管理局所属上饶分局和广州铁路管理局所属南昌分局以及新建鹰厦线，合并组成南昌铁路管理局，这是第一次成立南昌铁路局，管辖线路营业里程1591·5公里。

1959年1月，福建省外福线建成，铁道部成立福州铁路局，按省界重新调整铁路局辖区，将福建省境内鹰厦线划归福州铁路局管理。南昌铁路局管辖江西省境内浙赣线、南浔线和丰城支线，

1963年4月，铁道部将南昌铁路局撤销，并入上海铁路局，成立南昌分局，管辖浙赣线鹰潭k498·7处至姚家坝k930处，以及向九线、丰城支线等，线路营业里程808·7公里。

1965年6月，铁道部将福州铁路局与上海铁路局南昌分局合并，重组为南昌铁路局，这是第二次成立南昌铁路局，下设南昌、福州分局；1966年增设上饶分局，1971年撤销上饶分局；1976年增设鹰潭分局。

1984年，铁道部为解决浙赣线运输能力紧张和车流流向问题，减少分界口矛盾，于10月1日再次撤销南昌铁路局，并入上海铁路局，成立南昌分局。

1996年8月8日，铁道部将南昌分局从上海铁路局划出，成立南昌铁路局。这是第三次成立南昌铁路局，不设分局，路局直管站段。

2004年5月9日，上海铁路局福州分局与南昌铁路局合并。新的南昌铁路局经营规模明显扩大，从一个直管站段小局发展为中等规模的铁路局。

2017年11月19日，挂牌成立中国铁路南昌局集团有限公司。

2022年6月，中国铁路南昌局集团有限公司在闽赣两省新增48个车站开办“铁路e卡通”业务，实现全局城际铁路车站全覆盖。

2024年1至9月，南铁发送旅客1292万人次，同比增长7·1%，江西、福建分别发送680·4万人次、611·4万人次，同比增长8%、6·1%。

2025年1月5日零时起，铁路部门将实施新的列车运行图。调图后，南铁开行旅客列车总数达669·5对，其中动车组532对，占比近8成。

2025年3月20日起，南铁推出11款铁路新票制产品，通过“灵活票制+升级服务”满足通勤、商务等多元出行需求，为闽赣两省交通旅游市场融合发展注入新动能。推出新票制产品为现有定期票、计次票的一次组合创新。

2025年4月8日，从中国铁路南昌局集团有限公司获悉，4月10日零时起，铁路部门实施新的列车运行图。

2025年4月18日，南铁推出赣闽双向对开周末假日旅游列车。

2025年6月17日消息，2025年7月1日零时起，铁路部门将实施新的列车运行图。目前车票已经开售。南铁根据市场需求，进一步优化客货运输产品供给，加开旅客列车27对，加密南昌周边城市高铁开行频次，打造“滨海高铁游”和周末列车，助力旅客出行无忧。调图后，南铁安排图定旅客列车679·5对，其中动车组列车545·5对，铁路客货运输能力、服务品质和运行效率将进一步提升。