南平市图书馆实行馆长负责制， 负责全馆业务和行政工作， 下设少儿部、外借部、期刊部、电子阅览室、特藏部、采编部、办公室七个部室。

馆长室：南平市图书馆馆长，贯彻执行党的路线、方针、政策，完成上级主管部门布置的工作任务；对全馆工作负责，组织制定本馆工作计划，检查工作成效，向上级主管部门提交工作总结报告；审批各项经费开支；召集主持馆务会议；决定图书馆业务和行政管理工作中的重要问题；协调馆内外的各种关系；定期考核干部，分配部门工作人员；加强职工政治、思想、文化、业务教育，关心职工生活。

办公室∶负责贯彻落实本馆工作条例和规章制度，定期检查工作执行情况，及时向馆领导反馈信息；负责管理文书档案和会计档案。起草本馆各类文件、上报主管部门的请示函件、报告及年度工作计划和总结。负责会议记录、催办会议决议；承担人事管理工作。负责管理人事档案，组织员工培训、考核；负责具体行政事务管理，编制年度财务预算、决算；负责后勤工作和安全保卫工作；配合馆领导抓好计划生育工作；负责本馆离退休职工的工作；负责接待来访、参观和有关对外联系事宜；承担二次文献编辑工作。

采编部：负责中文普通图书采访编目、分类、主题标引、目录组织、数据审核、图书加工与分配、联合编目、采编协作等工作。

特藏部∶负责馆内古籍与地方文献的收集、整理、藏贮、传递、开发和利用工作。

自动化部：负责本馆计算机和网络的管理工作及电子阅览室的开放。负责计算机硬件、数据库和网站维护；负责音像资料、电子出版物的保管和利用；承担各类型图书馆自动化、网络化、数字化建设的推广、宣传、设计、维护等工作；负责文化部“文化共享”工程市级分中心各项工作。

期刊部：负责本馆中文报纸、期刊资料的借阅和典藏工作。统计与剔除工作；根据读者阅读需要，制定本馆报、刊采购计划；开展报刊信息咨询工作；负责了解读者阅读倾向，阅读效果。

外借部：负责中文普通图书外借、阅览工作。充分利用现代化设施并创造一切便利条件，为读者提供全方位的综合性服务，除图书借阅外，还为读者提供检索、借阅情况查询、电话预约、续借等服务项目，满足读者的各种借阅需求。

少儿部：负责少儿书报刊流通、以及组织少儿读书活动等工作。为少年儿童和少儿工作者提供个人借阅、集体借阅、预约借阅，阅读指导等多种形式的服务，以及举办少儿书展、书评讲座、演讲比赛、故事会、诗歌朗诵会、放映少儿录像等活动。