古代海关

东晋起至南朝，在都城建康（今南京）设“方山津”、“石头津”，是江苏最早出现的略具海关雏形的管理机构。

宋、明两朝，在南京均设有管理对外贸易的机构，如“建康榷货务”、“龙江关”、“大胜关”等，专司征收船料钞和货物税。

清朝，在江苏地区增设了“新江关”、“新安津”、“西新关”。

近代海关

咸丰三年（1853年），太平天国定都天京（今南京）后，在天京设置“天海关”。

同治三年（1864年），天京被清军攻陷，“天海关”被撤销。

光绪二十五年（1899年），由清政府在金陵（今南京）设立的“金陵关”开关，同时在金陵关内设监督公署。

民国元年（1912年），金陵关税款全部移存在英商在华开设的汇丰银行。

民国26年（1937年），日本帝国主义发动全面侵华战争，总税务司因受英美控制，未随中华民国国民政府撤至重庆，并令金陵关后撤至汉口，后又转至上海英租界处的江海关。至此金陵关的关务活动中止。

民国30年（1941年），太平洋战争爆发后，海关管理权沦落于日本侵略者之手，转移至上海的“金陵关办事处”完全听命于日本税务司。

民国31年（1942年），日伪成立了“南京转口税征收所”，次年升格为“海关转口税征收所南京总所”，并辖“芜湖分所”。

民国34年（1945年），抗日战争胜利后，因对外贸易锐减，江苏境内仅恢复了金陵关和连云港支关。

现代海关

1949年，南京解放后，南京市人民政府接管金陵关。

1950年，由于帝国主义实施经济封锁，南京的海关业务减少，“金陵关”奉原中央人民政府海关总署之令撤消。

1978年9月23日，中华人民共和国国务院批准在南京设立海关。

1979年1月1日，“中华人民共和国南京海关”正式开关，此时中华人民共和国南京海关为处级海关，隶属江苏省外贸局领导。

1980年，海关建制收归中央，实行垂直领导体制，中华人民共和国南京海关直属中华人民共和国海关总署领导。

1984年，中华人民共和国南京海关升格为正厅级关。

2003年9月14日，中华人民共和国南京海关举行授予海关关衔仪式。

2018年4月14日，原江苏出入境检验检疫局职责和队伍划入中华人民共和国南京海关。

2025年年1-4月，南京海关共签发rcep原产地证书超4万份，同比增长6·1%。