中国南方航空股份有限公司先后联合重组、控股参股多家国内航空公司。南航有新疆、北方、北京、深圳、黑龙江、吉林、大连、湖北、湖南、海南、广西、珠海直升机、台湾等13个分公司和厦门（厦门航空有限公司）、汕头、贵州、珠海、重庆、河南等6家控股子公司；在上海、西安设立基地，在广州、北京、上海、成都、杭州、南京等地共设有17个国内营业部，在新加坡、东京、汉城、迪拜、阿姆斯特丹、巴黎、洛杉矶、纽约、悉尼、拉各斯等地设有49个国外办事处。

业务

南航在国内率先推出计算机订座、电子客票等业务；机务维修方面中国南方航空股份有限公司是中国国内一家拥有独立培养飞行员能力的航空公司，与全球知名飞行模拟器制造商cae合资建立的飞行训练中心是国内规模最大的飞行训练中心。2005年1月，南航与空中客车公司签约，订购的5架空中客车a380超大型飞机，落户南航北京分公司。2005年8月30日，南航与波音公司签约，购买10架波音787“梦想”飞机。

航线

中国南方航空股份有限公司是国内运输飞机最多、航线网络最密集、年客运量最大的航空公司。在亚洲地区将主要与大韩航空公司及美国西北航空公司进行全面的共享代码的协议。截止2007年，南航经营包括波音系列，空中客车系列在内的客货运输飞机300余架，国际国内航线600余条， 形成了以广州、北京为中心枢纽，密集覆盖国内，辐射亚洲，连接欧美澳洲的航线网络，通往全球152个大中城市。

2007年，南航旅客运输量近5700万人次，连续29年居国内各航空公司之首，在中国民航各航空公司中率先进入世界航空客运前十强（2007年全球排名第9位）。南航占有中国国内民航三分之一的市场份额。

2005年春节期间，中国南方航空成为首批执行台商春节包机的中国大陆航空公司之一。2005年台北中正国际机场，成为首架合法降落台湾的中国大陆航空公司班机。

2006年12月30日起，中国南方航空开通由北京经迪拜至西非尼日利亚拉各斯的航班，是整个东亚地区首条定期往来西非国家的客运航班。

2011年10月14日，空中客车公司总裁兼首席执行官托马斯·恩德斯向中国南方航空股份有限公司董事长司献民交付中国首架a380飞机。至此，南方航空成为中国首家、全球第七家运营空客a380飞机的航空公司。

2012年3月1日北京消息上午10:56，编号为b6138的南航第三架a380平稳降落在北京首都国际机场，并将于3月2日正式投入运营北京-香港航线。据悉，中国第三架a380于2月29日在法国图卢兹空客公司总部交付南航，经过十个小时的长途飞行顺利抵达北京。第三架a380将于3月2日投入北京－香港往返航线，每天一班，成为京港航线上一道全新的亮丽风景。

2012年9月15日9时15分，编号为b6139的南航第四架a380飞机平稳地降落在广州白云机场，南航a380机队又添一名新成员，并将于今天正式投入商业运营，执飞广州－上海浦东往返航班。10月12日，南航a380还将首飞广州－洛杉矶国际航线。

2024年4月25日，沈阳-法兰克福航线正式开航。

2024年8月18日至10月8日，南航将新增长白山—长春—成都往返航班。

2024年9月19日，中国南方航空编号为b-919j的首架c919飞机正式迈入商业运营新阶段。9月25日，南航开通广州-贝尔格莱德直飞航线。11月28日，由南方航空公司执飞的“广州-珀斯”直飞航线正式复航。

2024年10月27日-2025年3月29日，民航执行冬春航季航班计划。根据冬春航季特点，南航计划新开郑州-台州航线，加密郑州-广州、海口航班，换季后，南航在郑通航点达45个，航线54条。2024年冬春航季中国南方航空股份有限公司在大连新开、加密、优化多条航线，计划执行正班航线39条，其中国内航线34条、国际航线5条，通航国内外城市37个，全航季共计划执行航班1·68万班，平均每周计划执行764个航班。

2024年12月11日，南航c919飞机将首飞广州-海口航线，自12月16日起开始定期执飞广州-海口“南航快线”航班。这是国产大飞机在海南的商业飞行“首秀”，也是南航使用国产大飞机执飞的第4条航线。海口将成为南航c919飞机继广州、上海虹桥、杭州、成都天府后执飞的第5个航点。12月13日，中国南方航空首次开通北京大兴机场至澳洲直飞航线；12月14日，南航执飞北京大兴至墨尔本航线。12月，上海往返名古屋航线时隔四年顺利复航。

2025年1月10日南航长沙往返东京的航线正式复航。除此次开通的东京航线外，南航还将新增长沙至新加坡航线，于1月15日起每周一、三、五、七执飞；恢复长沙至河内航线，1月20日至1月27日及2月3日至2月10日，每周一、二、四、六执飞。春运期间，长沙机场将通航内罗毕、伦敦、首尔、东京、曼谷、吉隆坡、新加坡、万象、金边、河内等10个国际城市，每周出港国际航班最高将达到77架次。

2025年4月7日报道，南航将于2025年6月2日起恢复长沙至大阪航线，满足区域日益增长的国际出行需求。长沙至大阪航线开通后，南航在湘执飞的国际航线将达7条，另外6条国际航线分别为长沙至首尔、东京、新加坡、吉隆坡、河内、内罗毕等。4月15日9时19分，由南航c919首次执飞的广州-武汉cz5770航班从广州白云国际机场起飞，于10时48分平稳降落在武汉天河国际机场，标志着南航c919在“武广快线”投入运营。6月1日起，长沙机场正式复航长沙至大阪的直飞往返航线，这条航线将由南方航空与吉祥航空双航司协同运营，为湘鄂赣等中部地区旅客提供更加高效便捷的赴日通道。

自2025年6月16日起，南航新开北京大兴—杜尚别直飞航线，每周2班；6月25日起，新开广州—阿拉木图直飞航线，每周3个往返；6月30日起，新开广州—塔什干直飞航线，每周3个往返；7月1日起，新开哈尔滨—符拉迪沃斯托克（海参崴）直飞航线，每周2个往返。7月9日，从中国南方航空公司获悉，南方航空物流股份有限公司正式开通广州-奥克兰-悉尼国际货运航线。这是国内航司首条从中国大陆直飞新西兰定期全货机正班航线，也是南航首条第五航权货运航线，拥有澳大利亚、新西兰之间双向第五航权。7月10日至8月31日期间，加密西安往返三亚的航班，该航线日均航班量由2班增加至3班。