1995、2001、2003、2004、2007年度，五度夺得中国民航航空安全最高奖——“金鹏杯”。

2002年，在美国《财富》杂志评出的中国上市公司100强中，名列第13位。

2002年，被《中国航务周刊》评为“中国十大第三方物流新锐企业”。

2002年，“南航经营目标管理”项目获评第九届全国企业管理现代化创新成果二等奖。

2003年，在中国企业信息化500强中排名第9位，并获“最佳信息化效能奖”。

2002、2004年，两度荣获世界知名旅游传媒《ttg》颁发的“中国最佳航空公司”奖项。

2004年，南航引进开发的运行控制系统（soc）获“国家科技进步奖”二等奖。

2004年1月， 荣获美国优质服务科学协会颁发的全球优质服务至高荣誉——“五星钻石奖”。

2005年4月，被《货运物流资讯》（《cargonews asia》）杂志评为 “中国地区最优秀航空货运承运人”。

2006年12月31日，南航新疆分公司(原新疆航空公司)顺利实现运输飞行安全52周年，再次刷新了中国民航运输飞行安全的最高纪录。

2006年，获得民航总局颁发的飞行安全最高奖——飞行安全三星奖。

2007年5月20日，获得民航总局颁发的飞行安全最高奖——飞行安全四星奖。

2007年9月8日，在由新华社主办的“2007·企业社会责任与构建和谐社会论坛”上，南航被授予“企业社会责任杰出贡献奖”。

2008年4月10日，南航荣获世界知名旅游传媒《ttg》颁发的“中国最佳商务舱航空公司”大奖。

2008年7月16日，南航荣获中国民航局颁发的飞行安全最高奖“中国民航飞行安全五星奖”。

2009年1月22日，南航在“2008年旅客话民航”活动中荣获中国民航“用户满意优质奖”。

2009年4月，被世界著名航空服务调研机构skytrax评选为“2009年度中国最佳航空公司”。

2009年4月，被国内最具影响力的旅游杂志《时尚旅游》2009第四届“读者票选旅游金榜”评为“首选国内航线航空公司”。

2009年4月，南航位列2008年度中国企业信息化500强第11名。

2009年4月，被国际知名的旅游传媒ttg杂志评为2009年度“中国最佳商务舱航空公司”。

2010年4月，被国际知名的旅游传媒ttg杂志评为2010年度“中国最佳商务舱航空公司”。

2011年1月荣获skytrax4星级航空公司。

2018年5月9日，“2018中国品牌价值百强榜”发布，中国南方航空排名第86位。

2018年10月，中国南方航空股份有限公司登上福布斯2018年全球最佳雇主榜单。

2021年8月18日，中国南方航空股份有限公司保卫部 (空警三支队) “金盾组”、中国南方航空股份有限公司地面服务保障部高端经理团队、中国南方航空股份有限公司飞行总队 b777 机队“远翔号”、中国南方航空股份有限公司客舱部“春风”乘务示范组被命名为“第20届全国青年文明号“。

2021年9月2日，中国南方航空股份有限公司工会委员会被国家体育总局授予“2017-2020年度全国群众体育先进单位”称号。

2022年3月，中国南方航空股份有限公司新疆分公司客舱部乘务一分部入选全国工人先锋号拟推荐对象公示名单。

2022年4月，中国南方航空股份有限公司营销管理委员会销售部入选2022年广东省工人先锋号表彰对象名单。

2022年7月，上榜2022年《财富》中国500强，排名第136位。

2023年7月，入选2023年《财富》中国上市公司500强排行榜，排名第157位。

2023年7月25日，入选2023年《财富》中国500强排行榜，排名第220位。

2024年7月，《财富》发布2024年中国企业500强榜单，中国南方航空股份有限公司以2259140万美元营业收入位列榜单161位。

2025年7月22日，2025年《财富》中国500强排行榜发布，中国南方航空股份有限公司以24，213·9百万美元营收排名第155位。