2023年10月，“博主吐槽南航飞机餐发4个馒头1片白菜”引发关注。10月17日，南航客服对此回应称，不同航线的配餐不一样，这种餐食属于某些航线上的“中式点心”，至于那片白菜，是在微波炉加热时盖在馒头上的，防止被烤糊。

2025年1月26日，傅先生乘坐南方航空新疆分公司b2732飞机执行的cz6928航班（三亚-乌鲁木齐）时，在座位前方杂物袋内被前序航班遗留的裸露注射针头扎伤左手食指。经现场核查，相邻乘客及乘务组均确认非本航班乘客物品，乘务员随即提供碘伏消毒，并出具机上突发事件空地交接报告单。落地乌鲁木齐后，南航方面表示可向傅先生赔偿机票费用，并补偿1000元，傅先生当场拒绝。此后，傅先生多次自费进行传染病检查，并确诊中度抑郁。2月19日，傅先生向乌鲁木齐市新市区人民法院递交起诉书，要求南航新疆分公司赔偿就医费用及误工费7119·74元，并赔偿后续5次医疗检查费9058·9元、后续误工费5000元、精神损失11000元，共计13万余元。2月28日，中国南方航空发布情况说明，公司注意到网络上反映“1月26日一旅客乘坐cz6928航班时食指被异物扎伤”的情况。公司高度重视，迅速开展调查。经核实，事发时航班乘务组迅速为旅客进行伤口消毒处理，诚挚表达歉意。公司持续关注旅客健康情况，就旅客诉求多次积极沟通，目前已初步消除旅客有关疑虑。对旅客的不佳体验，公司再次表示歉意，并持续做好沟通。南航称，公司已及时改进机上勤务流程。

2025年3月14日，南都记者从中国南方航空获悉，针对旅客反馈在第三方购票渠道中出现“机票价格与行程单不一致”“多收退改手续费”“对免费特殊服务加收费用”的情况，航司经核实后将先行垫付旅客相应的差价损失，并按照协议约定对涉事单位追责。

2025年3月17日消息，从3月上旬开始，该公司部分航线的飞机换上了“超薄座椅”，引发热议。南航介绍，该类型座椅更加节能环保，更符合人体工学设计，且是目前市场主流座椅产品之一。该款座椅相较传统座椅单座能减重约2公斤，可以降低飞机油耗、实现节能减排，同时有效降低公司运营成本。所选用的飞机座椅面料、门帘、地毯、装饰板等材料也更加绿色环保。

2025年5月31日，中国南方航空通报，cz6850杭州飞往深圳的航班上，一旅客携带的相机电池、充电宝出现冒烟情况，乘务组第一时间妥善处置，迅速排除安全风险。为确保安全，机组立即返航，航班于起飞15分钟后安全降落。公司积极做好旅客后续服务保障工作。公司提醒广大旅客，严格遵守民航安全规定，妥善携带和使用类似设备，确保安全出行。

2025年6月17日，针对“南航飞行员实名举报公司领导”一事，南航飞行总队发布情况说明称，经核实，其反映的情况与事实严重不符。飞行总队为李某组织了多次飞行训练，安排改装不同机型，并协助其转往其他航司，但其资质检查屡查不过，技术能力始终无法达标。李某表示无法接受，反复举报检查不公。对李某的举报，我队及相关部门高度重视，严格按程序多次调查核实，未发现有关检查员及干部在飞行、训练、检查工作中存在其反映的故意刁难情况。对李某提出的放机长及相关诉求，按规定未予以支持，并进行了正式反馈。期间，我队积极做李某思想工作，希望其能安心在副驾驶岗位苦练基本功，不断提高飞行本领，李某均表示拒绝。目前我队已按规定停止其运行。

2025年6月24日消息，有消息称昨日广州至多哈cz333航班受伊朗向卡塔尔美军基地发射导弹影响备降，目前仍未起飞前往多哈。24日，南方航空客服回应称，该航班确实受到飞行安全事件影响而备降。此外，昨日广州飞往迪拜的航班未受影响。

2025年7月1日，中国南方航空新增10个“爱宠进客舱”服务场站，同时优化爱宠运输标准，让旅客全程更安心、更放心。此次“爱宠进客舱”服务在原先覆盖广州、上海虹桥、北京大兴、深圳、哈尔滨、乌鲁木齐、海口、三亚、大连等9个场站的基础上，持续拓展至沈阳、长春、武汉、长沙、南宁、郑州、贵阳、重庆、杭州、上海浦东等10个场站，覆盖超200条直达航线，更大范围惠及携宠出行旅客。

2025年7月5日，南航cz3123长沙至北京大兴航班完成长沙首单“爱宠进客舱”服务。