1964年6月，广州市员村工人门诊部正式成立。

1965年，“广州市员村工人门诊部”更名为“广州市员村工人医院”。

1969年，“广州市员村工人医院”更名为“广州市第六人民医院”。

1973年，“广州市第六人民医院”更名为“广州市员村工人医院”。

1984年，“广州市员村工人医院”更名为“广州市第六人民医院”。

1994年，广州市第六人民医院被评为“二级甲等医院”。

2007年2月6日，“广州市第六人民医院”成建制移交中山大学。

2007年6月6日，“中山大学附属第六医院”正式挂牌。

2010年初，中山大学附属第六医院北院区正式启用。

2011年9月，中山大学附属第六医院被评为“三级医院”。

2012年6月6日，中山大学附属第六医院医疗综合大楼正式启用。

2016年1月22日，中山大学附属第六医院被评为“三级甲等医院”。

2016年3月15日，中山大学附属第六医院的“三级甲等医院”牌匾正式挂牌。

2017年6月6日，“中山大学附属第六医院省市校共建十周年主题活动”在中山大学附属第六医院西广场举行。

2023年12月7日，中山大学附属第六医院珠吉院区正式开工。

2024年4月12日，中山大学附属第六医院通过三级甲等医院复审。

2024年4月27日，中山大学附属第六医院期刊中心办公新址在广州国际生物岛正式揭牌。

2024年6月，中山大学附属第六医院与广州市黄埔区人民政府签约合作共建中山大学附属第六医院知识城院区，正式接管广州市黄埔区中新知识城院区项目（即南方医科大学南方医院知识城院区）。

2024年10月29日，中山大学附属第六医院珠吉院区项目首桩试桩正式开钻。

2025年2月19日，中山大学附属第六医院知识城院区开始试运行，并开放部分门诊区域。试运行前三天（2月19日-21日），门诊免挂号费。

2025年3月7日下午，中山大学附属第六医院胃肠肿瘤肝转移中心成立揭牌仪式在广州顺利举行。

2025年4月，中山六院与肇庆一院正式签署医联体合作协议。

2025年4月，入选为广东省省级首批提供免陪照护服务试点医疗机构。