根据上述职责，共青团重庆市南川区委设2个职能部室：

办公室

协调承办机关日常事务；承担机关文件收发、制作，信访接待，会议筹备，调查研究青少年思想动态、相关政策、现实状况，团情的上传下达，团内任务的督促办理，团员发展，团费收缴管理，团干队伍管理，做好全区青年统战对象的工作，维护青少年合法权益，实施希望工程，团属企事业的发展、管理，团区委机关后勤服务等职责。

基层工作部

负责组织、指导各级团组织开展相应工作，为各基层团组织服务。具体负责组织、指导青农、青工、学校团组织和少先队工作。即负责组织、指导全区农村、社区、机关、企事业单位、学校团组织的团员、团干队伍建设、阵地建设及领办科技推广项目，培养青年星火带头人，乡村青年文化节，保护母亲河，争创青年文明号、青年岗位能手，青年创新创效，中小学生素质拓展等活动的开展，负责组织、指导全区少先队组织队员、对干部队伍建设、阵地建设及手拉手互助，雏鹰达标争章，红领巾科技创新等行动的开展。

纪检组

负责纪律检查及党风廉政建设；受理党员和群众的控告和申诉，按管理权限查处或协助查处党员及干部职工违犯党纪、政纪的案件；开展党纪政纪宣传教育。