1·办公室

2·规划财务科（项目建设办公室）

3·信息统计与审计科

4·政策法规与体制改革科

5·行政审批科

6·综合监督科

7·疾病预防控制科（职业健康科）

8·基层卫生健康科（健康扶贫办公室）

9·妇幼健康科

10·医政药政科（卫生应急办公室）

11·人口监测与家庭发展科

12·宣传与健康促进科

13·科教与区域协同发展科

14·中医科

15·干部保健科

16·老龄健康科

17·人事科