根据上述职责，市人民政府驻广州办事处设5个内设机构:

(一)人秘科。

负责人事、党务和文电、会务、机要、档案、保密等机关日常运转工作;承担收集、整理和上报信息工作。

(二)财务科。

负责驻穗办财务、资金活动与运转;编制财务预、决算和财务年报;负责驻穗办物业的租金收取。

(三)接待科。

负责市属来穗公务人员的接待和服务工作;做好与在穗梅州籍领导和曾在梅州工作过后在穗居住的老同志及梅州籍各界知名人士的联络沟通工作。

(四)物业科。

负责驻穗办所有资产、物业管理;负责工程规划、报建、住房安排、维修保养等工作。

(五)协作科。

负责协调省、市信访部门和各县(市、区)的信访维稳和安全保卫工作;负责宣传和推介梅州，招商引资，项目跟踪，促进劳动力、产业"双转移"。