学校前身是创建于1958年的金山农业中学，历经金山中学、木渎第三中学等变迁。

2006年，为优化教育资源，木渎镇人民政府将原木渎第二中学和木渎第三中学高中部整合，重新组建了一所全新的普通高中，定名为木渎第二高级中学。

2014年11月，苏州市吴中区木渎第二高级中学更名为“苏州市吴中区木渎金山高级中学”。

2010年2月，江苏省教育厅正式通过“江苏省三星级普通高中”验收。

2021年9月，正式启用藏中路新校区。

2022年3月，“苏州市吴中区木渎金山高级中学”更名为“苏州市吴中区金山高级中学”。