根据上述职责，市委市直机关工作委员会设5个内设机构：

（一）办公室。负责机关综合协调和调查研究工作；承担文秘、档案、会务、机要、保密工作；负责机关人事劳资、离退休人员管理服务、行政后勤、财务管理工作。

（二）组织部。负责市直机关党的组织建设和党员管理教育工作；指导市直机关各部门党组织坚持党的组织制度，加强基层组织建设；做好党员发展工作和处置不合格党员的工作；负责管理县（处）级以上党员干部的双重组织生活，了解并反映市直机关党员领导干部的情况和问题；负责市直各部门机关党委（总支、支部）的换届改选和书记、副书记的考核、任免的报批工作；负责制定市直党员教育培训规划并组织实施；按有关规定负责党费的收缴、管理和使用工作；负责市直有关党的代表大会或党代表会议代表的推选与报批工作。

（三）宣传部。负责市直机关党的思想建设，宣传贯彻党的路线、方针、政策，进行形势和任务教育；指导市直机关党组织做好宣传和思想政治工作；了解和反映党员、职工的思想动态，为领导决策提供信息和建议。

（四）群团工作部（市直机关工会工作委员会、共青团市直机关工作委员会、市直机关妇女工作委员会）。负责市直机关的群团工作，提出市直机关工会工作、共青团工作和妇女工作的规划；了解和反映市直机关群团工作的情况及职工的思想动态；指导市直机关各群众团体按照各自章程履行职责；宏观指导市直机关群团组织的思想建设、组织建设；指导市直单位群团组织围绕市委和市政府的主要任务和中心工作，开展适合各自特点的活动。

（五）市直机关精神文明建设指导委员会办公室。负责协调、指导和检查市直单位精神文明建设，制定市直单位精神文明建设总体规划和年度计划；监督有关单位落实精神文明建设年度计划，掌握总体规划的实施情况；总结、推广先进经验，开展调查研究，为市精神文明建设指导委员会对精神文明建设工作的决策提供依据。