灵山寺至正八年元朝仁宗，延祐二年（1315年）又重建。1349年由陈大用任主持。公元1327年8月8日，朱元璋出生在濠州钟离县(今安徽省风阳县东北)太平乡孤庄村一个佃户家里。因8月8日生，又名朱重八。

公元1344年，淮南大旱，瘟疫四起，朱元璋父母及兄弟姊妹5人相继辞世，只剩下他一人孤苦伶仃，幸亏邻居汪大娘认识皇觉寺的高彬长老，便把他介绍到皇觉寺出家，当了个光干活儿不念经的小行童。时隔不久，寺里断粮，朱元璋被迫到河南淮西(今信阳)一带云游乞讨，成为一名游方僧。公元1348年夏，天气异常炎热，朱元璋来到灵山寺，行至距寺院不远的狮象口，因饥饿、炎热交加，昏倒路旁。

灵山寺小和尚陈大用下山买米，将其救回寺院。这是朱元璋第一次上灵山寺。朱元璋自结识灵山寺僧陈大用，在他的帮助下，文化知识日益丰富，思想日趋成熟，立志要干出一番大事业。他以灵山为据点，四处宣传明教教义，传播反元思想。公元1351年秋。罗山县尹李思齐（元代末年群雄之一后降明）派元兵包围了灵山寺，前来捉拿朱元璋。紧急之中，陈大用打通竹竿，让朱元璋口含竹管跳进院内深井，躲过元兵搜捕，幸免一场劫难。这是朱元璋二上灵山寺。