2001年改制为国有独资的铁路集团公司，并划归省委企业工委。

2004年2月省国资委成立后，隶属黑龙江省人民政府国有资产监督管理委员会监管。

2006年底按照省国资委统一部署，通过实施债转股和投资转股，改制为由省国资委控股，哈尔滨铁路局、中国铁路建设投资公司参股的新的铁路集团有限责任公司，实现了产权多元化，初步建立了法人治理结构。

目前，集团公司下辖9户权属企业，有5户运输子公司，4户经营性子公司。资产总额12·26亿元，现有员工2，368人，经营管理铁路总里程893公里，其中自营5条地方铁路487公里，受托经营2条国铁线路406公里。除主营铁路货物运输外，兼营房地产开发、内外贸易等产业。近几年，铁路集团公司发展较快，货物运输量、经营收入和利税的增长速度达到30%。