辽宁医药职业学院其前身为始建于1978年的辽宁省医学科学院。

1984年，改办为辽宁省卫生职工医学院。

1987年，辽宁省基础医学研究所并入（合署）辽宁省卫生职工医学院。

1993年，辽宁省卫生职工医学院更名为辽宁卫生职工医学院。

1998年，被确定为辽宁省首批高等职业教育试点院校。

2000年，辽宁卫生职工医学院、辽宁省基础医学研究所并入辽宁中医学院，改建为辽宁中医学院职业技术学院。

2006年，更名为辽宁中医药大学职业技术学院。

2010年，从辽宁中医药大学（即：辽宁中医药大学职业技术学院，原辽宁卫生职工医学院、辽宁省基础医学研究所部分）分立出来，改建为辽宁卫生职业技术学院。

2014年，由省政府批准，更名为辽宁医药职业学院。

2015年，学院成功申报辽宁省职业教育改革发展示范校立项学校。

2016年8月，入选第二批国家现代学徒制试点单位。

2019年10月，通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收。