学校前身是重庆市江北县人和区鸳鸯初级中学校，创办于1956年，办学历史悠久，文化底蕴丰厚。

2005年7月31日起，鸳鸯中学校改名为重庆育才中学经开区学校，年限为20年至2025年7月30日。

2007年，学校更名为“重庆市经开育才中学校”，由重庆市育才中学校与重庆经济技术开发区联合创办。

2007年，学校被确定为重庆市联招学校。

2013年3月，学校被重庆市人民政府命名为重庆市重点中学。

2014年，学校与重庆巴蜀中学建立捆绑发展关系。

2016年5月，学校更名为“重庆市两江育才中学校”，举办单位由重庆市北部新区教育局改为重庆两江新区管理委员会。

2017年1月，重庆市教委公开信箱回复：重庆市两江育才中学校为两江新区举办的一所市级公办重点中学，与原市教委直属学校重庆市育才中学校无关系。