丽水市环境保护局为正县级行政单位，内设三处一室：办公室、减排（污防）处、建设项目管理处(辐射管理处)、自然生态处（莲都管理处）。

直属单位有：丽水市环境监察支队（依照公务员制度管理），内设：办公室、环境监察一科、环境监察二科。

丽水市环境监测中心站（环境科学研究所），内设：办公室、水质监测室、大气物理监测室、综合技术管理室、环评室。

丽水市环境保护局莲都区分局，内设：办公室、综合管理科（增挂环境监察大队）、自然生态科