根据上述职责，市审计局设11个内设机构：

（一）办公室。

协调处理机关日常政务、事务、重要会议的组织和会议决定事项的督办；负责机关财务、资产及车辆管理、安全保卫、值班值宿、远程通讯及对外协调联系工作；负责文件收发、文书立卷，负责档案管理、指导和检查；负责机要、保密、文印、信访、报刊收发等工作。

拟订全市审计工作项目计划、考核计划执行情况，负责统计与统计分析，负责全局的文字综合、重要文件的起草、审核及新闻宣传、政务信息等工作。

负责机关的人事、劳动工资、离退休人员、机构编制等管理工作；组织和指导全市审计系统的业务培训；联系特约审计员；负责机关岗位责任制的制定与实施；负责系统的计划生育工作。

（二）法制科。

负责拟订地方审计规范性文件；研究财政经济方面的法律法规和政策并提出有关建议；组织对本级和下级审计机关审计业务的监督检查；审核与复核机关的审计报告、审计意见书和审计决定；规范审计业务文书和程序；组织和办理审计行政处罚听证；受理审计行政复议和行政应诉；组织实施审计普法教育；负责审计法规的收集、汇编、调研和咨询；指导全市审计机关的法制工作。

（三）财政审计科（开发区审计科）。

拟订市级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计市本级财政预算执行情况和其他财政收支；负责审计县区政府预算执行情况和财政决算；负责对财政、地方税务部门的专项审计和审计调查；指导全市财政审计业务。

负责审计开发区财政预算执行情况和其他财政收支及其所属单位的财务收支；负责审计开发区财政决算；负责对开发区的专项审计和专题审计调查；经省审计厅授权或委托对相关部门开展审计工作；指导全市开发区审计业务。

（四）金融审计科。

负责审计市级各专业银行、保险、证券等机构的财务收支及其信贷计划的执行情况和资产、负债、损益状况及所属单位的财务收支；审计国际组织和外国政府贷款、援助和捐赠项目的财务收支；提供世界银行和亚洲开发银行援助、贷款项目的审计公证报告；开展对国有资产占控股地位或主导地位的中外合资企业的审计；开展专项审计和审计调查；指导全市金融审计业务。

（五）行政事业审计科。

负责审计与市财政有拨款关系的市人大常委会机关、市政协机关和民主党派、社会团体及直属单位的财政财务收支；负责审计市政府有关部门和直属事业单位及其所属单位的财务收支；开展专项审计和审计调查，指导全市行政事业审计业务。

（六）执法监督审计科。

负责审计市公安机关、市检察院机关、市法院机关等执法监督类部门及其所属单位的财务收支；负责对执法监督类部门的专项审计和专题审计调查；负责审计回访、审计整改落实情况监督检查；负责对审计组和审计人员廉政情况进行跟踪检查；指导全市执法监督类部门的审计业务；组织实施对内部审计的指导与监督；经省审计厅授权或委托对相关部门开展审计工作。

（七）经贸审计科。

负责审计市经贸系统国有企业的财务收支；根据有关法律法规，会同监事会对派有监事会的市属国有企业进行审计监督；组织对其他国有企业的审计监督；开展对国有资产占控股地位或主导地位的股份制企业的审计；开展专项审计和审计调查；指导全市经贸审计业务。

（八）农业与资源环保审计科。

负责审计农林水、资源环保系统及其直属单位的财政财务收支及其经济效益；负责审计由市政府部门管理和受市政府委托由社会团体管理的农林水利专项资金、资源环保资金的筹集、管理和使用情况；负责审计县区政府管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理和使用情况；开展专项审计和审计调查；指导全市农业与资源环保审计业务。

（九）社会保障审计科。

负责审计市政府管理社会保障资金的部门及其直属单位的财务收支；负责审计由市政府部门管理和受市政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保障资金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置和社会捐赠资金的筹集、管理和使用情况；负责审计县区政府管理的社会保障资金的筹集、管理和使用；组织开展专项审计和审计调查；指导全市社会保障审计业务。

（十）固定资产投资审计科。

根据法律法规和有关规定，会同有关部门对市级重点建设项目进行审计监督；负责对其他固定资产投资项目、施工企业进行审计监督；负责审计市本级在建和竣工项目决算的跟踪审计；开展专项审计和审计调查；指导全市固定资产投资审计业务。

（十一）经济责任审计科。

按照有关规定组织对市直党政群机关和事业单位正职领导干部、国有企业领导人员进行任期（离任）经济责任审计；组织实施对拟提拔担任市管领导干部任职前经济责任审计；组织实施县区除党政一把手外市管领导干部经济责任审计；开展专项审计和审计调查；指导全市经济责任审计业务等。