连云港市气象局内设3个职能机关处室：办公室、业务法规处、人事教育处；4个直属事业单位：气象台、气象科技服务中心、雷电监测与防护中心和核算中心；下辖赣榆、东海、灌云、灌南四个县局和连云区气象局。

全市基础气象业务布局为一台七站，即：市气象台、赣榆、灌云国家一级站和新浦、西连岛、东海、灌南国家二级站、花果山新一代天气雷达站。

全市气象系统现有干部职工167名，其中在职119名；高级技术职务9名、中级技术职务42名；本科以上学历人员39名，占在职人数33%。