2020年11月，被评为第六届全国文明单位。

2020年12月，获评2020年度群众满意的医疗机构。

2021年8月，重庆医科大学附属第二医院消化内科被命名为“第20届全国青年文明号“。

2022年4月，重庆医科大学附属第二医院心血管内科团支部入选2022年“重庆市五四红旗团支部”拟表彰单位公示名单。

2024年12月24日，国家卫生健康委医院管理研究所公布了全国第三批临床营养科建设示范单位名单，重庆医科大学附属第二医院成功获批“国家临床营养科建设示范单位”称号。

2023年9月，重庆医科大学附属第二医院骨科被命名为“第21届全国青年文明号”。