截至2025年2月，呼伦贝尔学院有三个校区，分别是主校区、西校区、牙克石校区，主校区、西校区设在内蒙古自治区呼伦贝尔市，牙克石校区建在内蒙古自治区牙克石市。

主校区

主校区位于内蒙古呼伦贝尔市海拉尔区成吉思汗中路26号，主要院系包括教育学院、马克思主义学院、旅游与地理学院、外国语学院、机电工程学院、经济管理学院、工程技术学院、生命科学学院、计算机学院、数学与统计学院、法学院、音乐与舞蹈学院、体育学院、美术学院、物理与电子信息学院、历史文化学院、传媒学院、蒙古学学院、化学化工学院、农林学院、文学院21个学院。

西校区

1999年成立继续教育学院（西校区），位于内蒙古自治区呼伦贝尔市海拉尔区西大街123号。学院下设综合科、培训科、职业教育科三个职能科室及“内蒙古东部煤矿安全培训中心”（简称安培中心），成人学历教育专业设置涵盖文学、理学、工学、管理学、法学、教育学、农学、艺术学八个学科门类。

牙克石校区

2020年，呼伦贝尔学院牙克石校区在内蒙古牙克石市兴安大街14号建成，与牙克石汇流河电厂毗邻，学校占地面积240亩、实践教学用地2000亩、建筑面积22510·8平方米。牙克石校区有农业部181号职业技能鉴定站、农垦翼通驾校、拖拉机驾驶员培训学校、自治区现代农业技术培训基地、呼伦贝尔市科普教育基地等的实训基地。