2021年更新的机构设置文件显示其组织架构包括：

办公室：负责综合协调与文书档案管理

环评科：承担建设项目环境影响评价审批

法宣科：组织实施普法宣传与行政执法监督

自然生态保护科：开展生态功能区划编制与生物多样性保护

固废科：监督管理危险废物转移处置

下设事业单位环境监察大队（副科级）具体承担污染源日常监管、环境违法行为查处等执法工作。